Cuando esta guerra terminó, Stockton fue asignado para servir en diferentes barcos de la Armada estadounidense que operaban en el mar Mediterráneo, en el mar Caribe y en la costa de África Occidental.

Los poderosos cañones del barco fueron apodados "El Pacificador" y "Oregon"; pero en 1844 ocurrió un terrible accidente cuando durante una ceremonia a bordo "El Pacificador" estalló y dos Secretarios (Ministros) del Gobierno de Tyler murieron.

Luego fue enviado a Texas al mando del mismo USS Princeton por el nuevo presidente James K. Polk; Stockton llevaba la oferta formal de Polk a Texas para convertirse en un Estado de la Unión americana.

Otras circunstancias beneficiaban a Stockton: antes de que Sloat desembarcara en Alta California, los colonos estadounidenses que vivían en Alta California bajo soberanía mexicana se habían alzado en armas dirigidos por un mayor del Ejército de los Estados Unidos llamado John C. Frémont (que había llegado a Alta California unos meses antes con una reducida tropa para una supuesta expedición científica).

Frémont se había juntado a los rebeldes californianos con sus propios hombres y había creado una fuerza llamada por él Batallón California; ofreció sus servicios a Sloat, pero este no quiso trabajar con él.

Como primer paso en la campaña militar para la conquista del resto de la Alta California, Stockton ordenó a Frémont que embarcara en el USS Cyane con 160 hombres (entre miembros del Batallón California y marines del escuadrón de Stockton) y que desembarcara con ellos en San Diego para ocupar esa ciudad clave en la región.

Stockton acudió a su rescate con una columna de alivio y así Kearny y los noventa hombres que le quedaban pudieron replegarse a San Diego con las fuerzas de Stockton.

En principio la disputa se zanjó a favor de Stockton y Kearny tuvo que aceptar temporalmente su mando, ya que Stockton había llegado primero y tenía mayor cantidad de tropas en el terreno.

Primero los estadounidenses consolidaron su dominio del área de San Diego y luego avanzaron para cerrar más las tenazas sobre Los Ángeles.

Entonces Stockton y Kearny se dispusieron a lanzar el ataque final para ocupar Los Ángeles con una fuerza de 660 hombres; el general mexicano Flores pidió una tregua para consultar la rendición con el Gobierno mexicano, pero Stockton lo consideró una maniobra dilatoria y exigió la rendición incondicional, ofreciendo la amnistía para todos los combatientes mexicanos excepto el propio Flores, a quien dijo que iba a pegarle un tiro o hacerlo prisionero.

El general Pico intentó retirarse con sus hombres, pero en el camino se encontró con la fuerza de 320 hombres al mando de Frémont con la que este se había dispuesto a cerrar el cerco de los derrotados mexicanos; viendo su retirada cortada, Pico decidió rendirse.

En la primera votación para la candidatura presidencial de la Convención, Stockton apenas obtuvo el voto de 8 delegados y fue el sexto precandidato más votado; en la segunda y definitiva votación obtuvo sólo 2 votos y empató en el quinto lugar con otros dos aspirantes, por lo que fracasó en su aspiración presidencial.

Como nota curiosa, si Stockton hubiera ganado la candidatura presidencial del Partido Americano, tendría que haberse enfrentado en las elecciones presidenciales a su ex-subalterno en la campaña militar de California, John Charles Frémont; ya que este era el candidato presidencial del Partido Republicano aquel año.