A la latitud de Machala, la troncal interseca con la vía colectora Puerto Bolívar-Y del Cambio (E583) que la conecta con Machala y Puerto Bolívar en la costa del Golfo de Guayaquil.
Aproximadamente a medio camino entre las localidades de Santa Rosa y Arenillas, la Troncal de la Costa (E25) interseca a la Transversal Sur (E50).
El siguiente tramo, desde la intersección con la Transversal Sur (E50) hasta Arenillas lleva la denominación E25/E50.
En Arenillas, la Troncal de la Costa (E25) se separa de la Transversal Sur (E50) y continua en dirección suroriental (bordeando la frontera con Perú) hasta la frontera interprovincial El Oro-Loja.
En Loja, la troncal pasa por la localidad de Alamor donde toma un giro hacia el suroccidente para finalmente terminar en el Puente Internacional Zapotillo en la frontera con Perú.