Lo que en la actualidad erige el cantón Zapotillo fue habitado por la cultura Zapallal, que provienen de la fusión de las culturas Valdivia y Chorrera[cita requerida].

A este informe se le agregan los límites de la nueva parroquia eclesiástica que se iba a crear y que existía una población aproximada de 500 habitantes.

Como límites de la nueva doctrina se incluyen el río Alamor y Catamayo (Tomado del libro, Monografía del cantón Zapotillo, (obra inédita) del Dr. Jorge Enrique García Alberca) En la conformación de la gran Colombia, la Provincia de Loja perteneciente al Departamento de Azuay, estaba dividida en cinco cantones (Loja, Paltas, Calvas, Zaruma y Jambelí), Zapotillo pertenecía al cantón Paltas con las parroquias Alamor, Celica, Guachanamá, Cangonamá y Catacocha, siendo esta última la cabecera cantonal.

Esta migración ha tenido lugar desde hace varias décadas, incrementándose durante las sequías en la zona, o en crisis económicas nacionales, los migrantes, con el dinero ganado en el exterior, también contribuyen al crecimiento de la ciudad y Cantón.

Las precipitaciones se caracterizan por su torrencialidad, destacando los aguaceros tormentosos de la temporada lluviosa (febrero, marzo y abril) época donde cae hasta el 98% de las precipitaciones anuales.

En el mes más húmedo hay hasta 15 días lluviosos con ciclos e intervalos secos de hasta 15 días, marzo es el mes con más precipitaciones.

En los meses lluviosos de ciertos años, la ola de calor y la sequía son frecuentes, generando un déficit hídrico muy alto, que dificulta la agricultura y las actividades económicas relacionadas con esta.

El Alcalde es la persona que ejecuta las decisiones tomadas por el Consejo Municipal; dura 5 años en su función.

Los Concejales conjuntamente con el alcalde toman las decisiones, sesionan en forma ordinaria una vez por semana. )