Pero su inesperado fallecimiento determinó que se eligiera a Juan Francisco Giró.
Uno de los factores de distanciamiento fue la rivalidad entre la Guardia Nacional, fundada por Manuel Oribe, y el Ejército, predominantemente colorado y liderado por Flores.
Dadas las turbulencias políticas que afectaron el gobierno de Giró, Flores forzó su renuncia.
Para culminar el mandato del presidente constitucional se designó a un triunvirato, integrado por el mismo Flores, Juan Antonio Lavalleja y Fructuoso Rivera.
Finalmente, fue elegido presidente para completar el período correspondiente a Giró, hasta 1855, cuando daría comienzo la Rebelión de los Conservadores.