Pronto emigraron a América, donde Clarke trabajó para el Clan na Gael dirigido por John Devoy.
En 1907 regresó a Irlanda, estableciéndose en Dublín, trabajando para la renovación de la dirección interna del IRB con miembros más jóvenes como Bulmer Hobson y Denis McCullough.
Clarke mantuvo una amistad íntima con Hobson y con Sean MacDermott que se convirtieron en sus protegidos.
Cuando se formaron los Voluntarios Irlandeses en 1913, Clarke se sintió interesado en la organización, pero no formó parte de la misma ya que había estado encarcelado y era un reconocido nacionalista, hecho que les habría desacreditado.
En 1915 Clarke y MacDermott dirigían el comité militar del IRB que planeó el Alzamiento de Pascua.