[2] A temprana edad marchó como paje al Palatinado junto a su hermano integrando el ejército inglés que luchaba bajo las órdenes de Sir Horace Verve en defensa del elector palatino Federico V del Palatinado contra las tropas españolas de Ambrosio Spínola que lo habían invadido en 1620.[9] Thomas Fairfax no tomó parte en los asuntos públicos hasta que Carlos estableció su cuartel general en York.Una parte de la población, que deseaba la reconciliación del soberano con el Parlamento presentó una petición que fue confiada a Thomas Fairfax y a su primo William Fairfax de Steeton pero se les impidió acercarse al rey groseramente.[11] La mayoría de las ciudades cayeron sin resistencia excepto Bradford que sufrió un duro asedio.Thomas Fairfax intentó aliviar el asedio con dos compañías de infantería y dos regimientos de caballería pero no eran rival para las tropas realistas así que tuvo que regresar a Selby sin conseguir ningún resultado.[14] Las tropas realistas reaccionaron poniendo bajo asedio Howley Hall, a mitad de camino entre Leeds y Wakefield.El Conde de Newcastle acampó en los pueblos de Hessle, Anlaby y Cottingham y puso bajo asedio la ciudad sin embargo tuvo que levantar el asedio poco después.La victoria favoreció a los parlamentarios y el día 15 de julio York se rinde.La pregunta más trascendental era quien iba a ser designado comandante en jefe ya que los parlamentarios estaban excluidos.[25] Poco después tomó Bath y Sherbone, que cayó el 14 de agosto.[26] Carlos I de Inglaterra se encontraba en Oxford y hacía allí dirigió Thomas Fairfax las tropas parlamentarias.Thomas Fairfax se reunió con el rey cerca de Nottingham y lo condujo hasta Londres.En estas negociaciones, el New Model Army pronto comenzó a tomar una parte más activa.Thomas Fairfax se colocó en una posición desagradable de intermediario entre sus propios oficiales y el Parlamento.[28] El 1 de abril se le ordenó conducir al ejército al norte para combatir una insurrección realista y dejó fuertes guarniciones en Berwick y Carliste para evitar una posible invasión escocesa.Al encontrarse Thomas Fairfax en el norte surgió una nueva revuelta realista en Kent.Esta rebelión estaba encabezada por George Goring, conde de Norwich y Sir William Waller quienes marcharon hacía Blackheath.George Goring cruzó el Támesis y llegó a Essex donde se le unieron más realistas.Las tropas parlamentarias tuvieron que esforzarse y mientras Cromwell pacificaba el sur de Gales, Fairfax asediaba Colchester.Al tiempo que Cromwell derrotaba a los escoceses en el norte en la batalla de Preston.[30] Thomas Fairfax pensaba que el rey debía ser juzgado y depuesto para dar paso a su sucesor.Lord Fairfax, al parecer, se había convencido de que no había esperanza de una paz permanente en el marco del actual rey, y por lo tanto estaba dispuesto a aprobar el juicio y la deposición pero cuando entendió que lo que se pretendía era la condena a muerte de Carlos I él se retiró de la comisión y se esforzó por salvar la vida del monarca.Incapaz de salvar la vida del rey, Thomas Fairfax no se presentó el día del juicio y cuando su nombre fue pronunciado una mujer respondió por él diciendo que no volvería a sentarse con ellos y que habían hecho mal en nombrarlo comisario.En 1649 Irlanda se sublevó contra Inglaterra y Oliver Cromwell fue enviado a someterla.Esta situación fue aprovechada por un sector del ejército para sublevarse en petición de nuevas exigencias.Thomas Fairfax reaccionó rápidamente reuniendo sus tropas más fiables y marchó contra los amotinados que se rindieron sorprendidos por la rápida respuesta.Creó una gran colección de grabados, medallas y monedas pero era la literatura su ocupación favorita.George Monck, quien comandaba el ejército de Escocia se adhirió al Consejo.Thomas Fairfax entabló negociaciones con Monck y tras llegar a un acuerdo marchó para apoyarlo militarmente.Las tropas de Lambert comenzaron a desertar y se evitó la batalla.
