La iglesia de la abadía fue reconstruida y ampliada en gran medida en el siglo XII.
La ciudad no alcanzo la condición de municipio hasta el siglo XII.
Cuando en el siglo XVII estalló la Guerra Civil Inglesa, Peterborough se dividió entre los partidarios del rey Carlos I y los partidarios del Parlamento Largo (conocidos como cabezas redondas).
La ciudad estaba en la frontera de la Asociación del Este de los condados que apoyaron al Parlamento y la guerra llegó a Peterborough en 1643 cuando los soldados llegaron a la ciudad para atacar los bastiones realistas en Stamford y Crowland.
La Feria del puente, ya que ahora se conoce, concedida a la abadía por el rey Enrique VI , sobrevive.Oraciones para la apertura de la feria se dijo una vez en el servicio de la mañana en la catedral, seguida por una proclama cívica y una salchicha almuerzo en el Ayuntamiento que todavía se lleva a cabo.