Sin embargo estas murmuraciones se contradicen con la cronología y otras fuentes.
Añade que esta escandalosa relación indujo al joven Alejo IV, esposo de Teodora, a rebelarse contra su padre Manuel, así que esta historia muy similar puede explicar el error de Calcocondilas.
Por el contrario, la virtud, la piedad, las grandes cualidades y sobre todo la perfecta fidelidad de Teodora se celebran por su compatriota, el futuro cardenal Basilio Besarión, en las tres monodias que dedicó a su benefactora, y en un discurso especial de consuelo dirigido a Alejo IV, realmente desesperado por la muerte de su amada emperatriz.
Por último, pero no menos importante, el mismo Juan IV, después de su ascensión al trono en 1429, rindió homenaje a las virtudes de su madre fallecida en una crisóbula para el convento que ella fundó.
Con su esposo Alejo IV de Trebisonda, tuvo al menos cinco hijos: