Después de la conquista española, la ciudad se dividió políticamente en tres partes: La traza, que era exclusivamente para españoles, y las parcialidades indígenas de Santiago Tlatelolco al norte y San Juan Tenochtitlán, la cual rodeaba la traza y se dividía en cuatro barrios que se denominaron San Pablo Zoquipan, Santa María Cuepopan, San Sebastián Atzacoalco y San Juan Moyotla.

La fundación de estas capillas se atribuye según la tradición franciscana a Fray Pedro de Gante,[1]​ aunque también otras fuentes atribuyen su fundación a Hernán Cortés o la Segunda audiencia.

[3]​ Para finales del siglo XVI estalló una disputa entre los franciscanos, el clero secular y las demás órdenes religiosas por el control del territorio parroquial de las cuatro capillas de los barrios indígenas.

[1]​ El templo se reedificó una vez más a principios del siglo XVIII.

[3]​ En 1750 se secularizaron las parroquias de Santa Cruz y Soledad y San Sebastián, en manos también de los agustinos, que sin embargo lograron conservar la parroquia de San Pablo hasta 1767, cuando fue arzobispo Francisco de Lorenzana, quien secularizó definitivamente las parroquias que aún estaban en manos de religiosos, y nombró al presbítero Juan José Piña y Auñón como párroco de san Pablo,[3]​ para lo cual se estableció que la parroquia tendría sede temporal en la capilla de Nuestra Señora del Tránsito, que estaba bajo el cuidado del gremio de los curtidores y se encontraba en terrenos del Colegio,[3]​ y que los agustinos podían conservar el templo de san Pablo por ser parte de su colegio, pero a cambio debían restituir al cura y a su feligresía la mitad del valor del templo, para que pudieran edificar en otro lugar la nueva sede parroquial,[3]​ lo cual suscitó un conflicto que se prolongó por más de 10 años y concluyó en 1785, cuando una cédula real ordenó a los religiosos que entregaran al cura y su feligresía la cantidad estipulada anteriormente, con lo que comenzó tres años después la construcción del templo de San Pablo el Nuevo, que sería la sede definitiva de la parroquia.