La fundación de estas capillas se atribuye según la tradición franciscana a Fray Pedro de Gante,[3]​ aunque también otras fuentes atribuyen su fundación a Hernán Cortés o la Segunda audiencia.

[2]​ Como resultado de este conflicto, los Agustinos cedieron el territorio parroquial, pero conservaron su templo, el cual alegaron pertenecía su colegio.

La parroquia tendría sede temporal en la capilla de Nuestra Señora del Tránsito, que estaba bajo el cuidado del gremio de los curtidores y se encontraba en terrenos del Colegio,[2]​ pero a cambio debían restituir al párroco Piña y Auñón y a su feligresía la mitad del valor del templo de San Pablo para que pudieran edificar en otro lugar la nueva sede parroquial,[2]​ la resolución suscitó un conflicto con los Agustinos que se prolongó por más de 10 años y concluyó en 1785, cuando por medio de una real cédula se le ordenó los Agustinos que entregaran la cantidad estipulada, lo cual realizaron 3 años después.

[6]​ La portada consiste en un arco de medio punto moldurado que descansa sobre jambas lisas, flanqueado por dos columnas con orden jónico.

[6]​ A los costados de la portada aparecen pilastras decoradas con almohadillado horizontal.