Después de la conquista de México, la ciudad se dividió políticamente en tres partes: la traza, que era exclusivamente para españoles, y las parcialidades indígenas de Santiago Tlatelolco al norte, y San Juan Tenochtitlán, la cual rodeaba la traza y se dividía en cuatro barrios: Santa María Cuepopan, San Pablo Zoquipan, San Sebastián Atzacoalco y San Juan Moyotla.

La fundación de estas capillas se atribuye, según la tradición franciscana, a fray Pedro de Gante,[2]​ aunque también otras fuentes atribuyen su fundación a Hernán Cortés o la Segunda audiencia.

[2]​ El virrey les ofreció la ermita de San Sebastián, y el arzobispo Pedro Moya de Contreras consintió que se establecieran ahí, desatando un conflicto con los franciscanos, que exigieron conservar el territorio parroquial edificando otra iglesia en el lugar.

La ermita de san Sebastián se destinó para atender a la feligresía, y el nuevo conjunto, para que vivieran los frailes según las normas de su instituto.

[4]​ La parroquia estuvo en manos de los carmelitas hasta 1607, cuando se mudaron a su nuevo convento y la parroquia de San Sebastián fue cedida a los agustinos, quienes la administraron hasta 1750, cuando se secularizó.