[1] Entre ambas misivas, ya se habían formado varias repúblicas, tomando como base los antiguos gobiernos indígenas, pero tratando de darles una forma española basada en el municipio, en el caso del valle de México los españoles organizaron varias repúblicas entre estas tenemos la de Iztapalapa, Tlalpan, Coyoacán, Azcapotzalco, Texcoco y en la que normalmente se conoce como México, se dividió en tres repúblicas, una totalmente española conocida comúnmente como la Traza y dos indígenas una en la antigua México-Tenochtitlán y la otra en México-Tlatelolco, que recibió el nombre de Santiago Tlatelolco.
[2] De acuerdo a las reglas la República de Indios debía ser gobernada solo por indígenas, los cuales dividirían su territorio en zonas gobernadas por una parroquia (templo religioso), los que a su vez estarían divididos en barrios.
Estos gobernadores fueron en su mayoría indígenas, al principio eran nobles Mexicas o Tlatelolcas.
[4] El gobernador era elegido cada año, normalmente en noviembre y tomaba el mando el primero de enero siguiente, duraba en el puesto un año, pero desde el inicio se reeligieron por varios periodos, este nombramiento debía recaer en una persona solvente, indígena y preparada, era electo por votación indirecta, de los electores no está claro como eran elegidos, ya que su número varía de elección a elección, aunque varios de los gobernantes antes fueron electores, al entrar en funciones nombraba bajo su responsabilidad a una serie de funcionaros, entre estos regidores, síndicos, etc. Su nombramiento no era directo ya que debía pasar por el visto bueno del Virrey.
Eran nombrados por cualquier funcionario de mayor categoría, pero sus acciones eran responsabilidad del Gobernador.