Durante la segunda mitad del siglo XIX, el Teatro se convirtió en el lugar central donde se interpretaban la piezas maestras de la zarzuela, principalmente grande o de dos actos, y se producían sus estrenos al público.
Reconstruido usando menos madera y más metal, en 1914 el maestro Luna levantó el telón al reinaugurarlo con su orquesta.
En 1998, tras la declaración cuatro años antes del edificio como Monumento Nacional, fue de nuevo remodelado, recuperando buena parte de su estructura y forma original y siendo destinado en exclusiva a la lírica española.
Además, el Teatro de la Zarzuela cuenta con un coro propio, dirigido desde 1994 por Antonio Fauró.
[15][16] Además, el Teatro de la Zarzuela cuenta con servicios como: tienda (situada en la entrada del vestíbulo), guardarropa (servicio gratuito situado en la entrada del vestíbulo principal), ambigú (bar situado en el vestíbulo de la primera planta, su abertura será una hora antes de cada obra y en los descansos.
En el ambigú se realizan también conciertos y actuaciones de pequeño formato.