Sin embargo la FTRE se disolvió en 1888 al imponerse el sector del anarquismo que criticaba la existencia de una organización pública, legal y con una dimensión sindical y que, por el contrario, defendía la vía «insurreccionalista» y el «espontaneísmo» —ya que cualquier tipo de organización limitaba la autonomía individual y podía «distraer» a sus componentes del objetivo básico, la revolución, además de propiciar su «aburguesamiento»—.
Al triunfo de la tendencia «espontaneísta» e «insurreccionalista» contribuyó la brutal represión que desató el gobierno sobre los anarquistas andaluces a raíz de los asesinatos y robos atribuidos a la "Mano Negra" en 1883, una misteriosa y supuesta organización anarquista clandestina que no tenía nada que ver con la FTRE.
Según informó la prensa le atacaron porque llevaba guantes, un signo de era un «burgués».
Asimismo hubo quejas por la ineficacia de la investigación, pues la Guardia Civil y la Rural estaban recorriendo los cortijos y encarcelando a muchas personas pero sin que se lograra identificar a los organizadores de la rebelión ni a los autores de los dos asesinatos.
[8] La primera confesión importante fue la de Manuel Silva, El Lebrijano, quien el día 15 se inculpó en el asesinato de Castro, acusando también a Busiqui y a Caro, aunque luego afirmó que había confesado «por los golpes recibidos de la Guardia Civil».
[10] Aún más importante fue la confesión de Félix Grávalo, el Madrileño, un albañil de treinta años, quien el día 16 dijo que el principal organizador había sido José Fernández Lamela, barbero de 24 años, corresponsal del periódico La Anarquía y de otras publicaciones análogas, y que recibía semanalmente ejemplares del periódico anarquista El Productor para venderlos, en cuya barbería se acordó «hacer la revolución» «todos a una y sin ser presididos por nadie».
La fecha fijada había sido el día 8 porque ese día estaba previsto que estuviera de guardia en el cuartel de caballería un cabo que había ofrecido su colaboración y la de cincuenta soldados más, aunque en el último momento se supo que el turno de guardias había sido cambiado, a pesar de lo cual se mantuvo la convocatoria pues ya habían salido emisarios a los pueblos que estaba previsto que se unieran a la sublevación.
[11] Lamela, Zarzuela y el resto de supuestos dirigentes de la rebelión negaron los hechos y denunciaron que habían sido torturados por la Guardia Civil para que confesaran —Lamela dijo que le habían obligado a ponerse en cuclillas para pasarle un palo entre las corvas de las piernas y los brazos y a continuación tenerlo colgado durante un cuarto de hora—.
Otras siete personas fueron condenadas a penas menores y veintinueve fueron absueltas.
Fueron condenados a muerte como jefes de la rebelión Jesús Fernández Lamela y Antonio Zarzuela, y como autores del asesinato de Manuel Castro, Manuel Fernández Reina Busiqui, y Manuel Silva El Lebrijano, siendo condenado a cadena perpetua su cómplice Antonio Caro.
Un editorial del diario liberal madrileño El Imparcial explicó lo sucedido aludiendo a la «desigual distribución de la propiedad territorial» y «lo exiguo de los jornales» y al «carácter vivo e impresionable de aquellos naturales, que les hace ver como factible lo que se ofrece a su fantasía».
[21] En cambio el semanario anarquista catalán La Tramontana fundado en 1881 por Josep Llunas i Pujals interpretó de forma muy crítica los hechos, coincidiendo en parte con la valoración de los socialistas:[22]