Coppola tiene un papel protagonista en el video musical que Spike dirigió para la canción «Elektrobank» de los Chemical Brothers.
Sus trabajos más importantes incluyen la comedia negra de 1999 Being John Malkovich, por la que fue nominado al Óscar al mejor director, y el filme de 2002 Adaptation, ambas escritas por Charlie Kaufman.
En 2009 estrenó Donde viven los monstruos, una película basada en el libro infantil del mismo nombre creado por Maurice Sendak.
El reparto lo conformaron actores como Forest Whitaker y James Gandolfini, prestando su voz a las criaturas fantásticas y teniendo por protagonista a Max Records.
Finalmente en 2014 obtuvo el Óscar al mejor guion original por la película Her.