[2]​ Igualmente, asume la ordenación, programación y gestión de las actuaciones que competen a la Administración General del Estado en materia de enseñanza superior universitaria; la gestión de programas operativos cofinanciados por fondos de la Unión Europea que le sean competentes; y ejerce la dirección estratégica de los organismos públicos que dependen de ella.

En 2018, Rajoy pierde el Gobierno y la llegada de Pedro Sánchez no cambia la situación, la Secretaría General se mantiene en dicho rango y dependiendo de la actual Secretaría de Estado de Universidades, Investigación, Desarrollo e Innovación.

[3]​ En 2020, aún con Sánchez como presidente del Gobierno, se vuelve a producir un nuevo cambio de dependencia ministerial, pues se integra en el nuevo Ministerio de Universidades.

[4]​ Con esta última reforma, la secretaría general pasa de cuatro órganos con rango de subdirección general a cinco, ya que las subdirecciones generales para títulos y de ordenación, seguimiento y gestión de enseñanzas universitarias se agrupan, se separan las competencias de formación del profesorado y programación de las de atención al estudiante, que pasa a ser una nueva subdirección general encargada también de las relaciones institucionales y se crea una nueva subdirección para la actividad universitaria investigadora.

Tras desarrollarse su nueva estructura en 2024, esta se reduce a cuatro subdirecciones generales: el Gabinete Técnico y las subdirecciones general de Relaciones Institucionales, Programas y Calidad en el Ámbito Universitario, de Formación del Profesorado Universitario y Gestión de Programas de Ayuda, y de Títulos y Ordenación Universitaria.