Esta especie fue descrita originalmente en el año 2020 por los ictiólogos Juliano Ferrer y Luiz Roberto Malabarba.
[1] El ejemplar holotipo designado es el catalogado como: MCN 19470, el cual midió 39,5 mm de longitud estándar.
[1] Etimológicamente, el término genérico Scleronema se construye con dos palabras del idioma griego, en donde: skleros significa 'duro' y nema es 'filamento'.
Scleronema ibirapuita guarda semejanza con S. milonga y S. minutum, pero difiere en que en estas está presente el poro s6 del canal frontal del sistema posterior (ausente en S. ibirapuita).
Se alimenta de insectos acuáticos inmaduros y restos vegetales.