Esta especie fue descrita originalmente en el año 2020 por los ictiólogos Juliano Ferrer y Luiz Roberto Malabarba.
[1] El ejemplar holotipo designado es el catalogado como: MCP 54165, el cual midió 37,8 mm de longitud estándar.
[1] Etimológicamente, el término genérico Scleronema se construye con dos palabras del idioma griego, en donde: skleros significa 'duro' y nema es 'filamento'.
[2] El epíteto específico milonga es un sustantivo en aposición que hace referencia al ritmo musical del mismo nombre, que es popular en los dos países donde este pez fue encontrado: la Argentina y el estado brasileño de Río Grande del Sur.
Scleronema milonga guarda una gran semejanza con S. minutum, pero difiere en que el poro s3 del canal frontal del sistema sensorial posterior está ausente (presente en S. minutum) y que el origen de la aleta dorsal está ubicado en la vertical que pasa a través del origen de la aleta pélvica o ligeramente posterior (alrededor de la mitad de la aleta pélvica en S.