[6]​ El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.

Los alcaldes que ha habido en el municipio son: La localidad fue un poblado precolombino perteneciente al Reino Cakchiquel.

Para finales del siglo xviii, el arzobispo Pedro Cortés y Larraz reportó que el poblado era anexo a la Parroquia de Tecpán Guatemala.

En 1902, el gobierno del licenciado Manuel Estrada Cabrera publicó la Demarcación Política de la República, y en ella se describe así a Santa Apolonia: «su cabecera es el pueblo del mismo nombre, a 28 km de Chimaltenango, ocupa un área de 8 y media caballerías, y está limitado: al Norte, por San José Poaquil; al Sur, por Tecpam Guatemala; al Oriente, por San José Poaquil y al Occidente, por Tecpam Guatemala.

Además de los trabajos agrícolas, sus moradores se dedican a la alfarería».