San José Poaquil fue nombrado en honor a su santo patrono, José de Nazaret; por su parte, el topónimo «Poaquil» proviene del k'ach'ikel «pwäq ki’y» que puede interpretarse como «plateado», «dorado» o «tierra de mucho dinero».

[3]​ La región fue denominada como «de mucho dinero» por el líder liberal Justo Rufino Barrios cuando los habitantes le dieron dinero durante la Revolución Liberal de 1871 en contra del gobierno del mariscal Vicente Cerna y Cerna.

Los alcaldes auxiliares son elegidos por las comunidades de acuerdo a sus principios, valores, procedimientos y tradiciones, estos se reúnen con el alcalde municipal el primer domingo de cada mes.

Los habitantes de lugar estaban descontentos con la soberanía municipal de San Juan Comalapa, porque estos no les permitían satisfacer eficazmente sus necesidades materiales, alimentación y comunicaciones; incluso era difícil satisfacer las necesidades espirituales, pues la única parroquia quedaba en San Juan Comalapa y quedaba retirada y difícilmente accesible por la falta de caminos favorables.

Por esta razón, Barrios llamó a la región «gente de mucho dinero», la cual en k'akch'ikel se dice «winaqi’ ajpwäq ki’y» y que castellanizado se convirtió en «Poaquil».