San Bartolo está ubicado en las tierras bajas de Bolivia, en el borde de la región del Pantanal, un humedal en gran parte intacto en la zona fronteriza entre Bolivia y Brasil.
Las temperaturas medias mensuales fluctúan sólo ligeramente a lo largo del año entre 21 °C en junio y 26,6 °C en octubre, aunque casi constantemente están por encima de los 25 °C entre septiembre y marzo.
La precipitación media anual a largo plazo es de 1200 mm.
Desde Santa Cruz, la carretera nacional asfaltada Ruta 4 conduce 57 km al norte por Warnes hasta Montero.
A pocos kilómetros al norte de Montero se encuentra con la Ruta 10, que se dirige hacia el este por un recorrido de 648 km y atraviesa las localidades de San Ramón, San Javier y Santa Rosa de la Roca.