El retículo endoplasmático rugoso está ubicado junto a la envoltura nuclear y se une a la misma de manera que puedan introducirse los ácidos ribonucleicos mensajeros (ARNm) que contienen la información para la síntesis de proteínas.
También lleva a cabo modificaciones postraduccionales de estas proteínas, entre ellas sulfonación, plegamiento y glicosilación.
Se marcha la SRP y una vez ida continúa la síntesis de la proteína anteriormente paralizada.
Cuando entra la proteína, el péptido señal es eliminado por una peptidasa que está en la cavidad del retículo.
Conforme la proteína va entrando, se le van uniendo unas chaperonas que ayudan a su correcto plegamiento.
Otras proteínas integrales de la membrana del retículo endoplásmico rugoso ayudan a que se pueda hacer la translocación (Complejo Sec 61, 62, 63, 71, 72).
El retículo endoplásmico tiene una función especial que detecta proteínas mal plegadas para, ya sea, repararlas o degradarlas.
Esto ocurre varias veces, si el problema no es corregido se dirige al proteosoma, cuya función es degradar proteínas.
La célula al detectar un número elevado de proteínas mal plegadas dimeriza unos sensores proteicos transmembranales del retículo endoplásmico que contienen unas chaperonas llamadas BiP.