Entre éstas destacan el pejichi (Priodontes maximus), el marimono (Ateles paniscus), el manechi (Alouatta seniculus), el jaguar (Panthera onca), el ciervo de los pantanos (Odocoileus dichotomus), Caprimulgus candicans (ave en serio estado de amenaza), el águila harpía (Harpia harpyja), el pato negro (Cairina moschata), el ave endémico Turdus haplochrous, la peta de río (Podocnemis unifilis), el lagarto (Caiman crocodilus yacare) y el caimán negro (Melanosuchus niger).
En los bosques sobresale la fauna arborícola, entre las especies más representativas se tiene a los primates, perezosos y los osos hormigueros (Miranda et al.
En los bosques se puede encontrar Marimono (Ateles chamek), manechi colorado (Alouatta seniculus), silbador (Cebus libidinosus), chichilo (Saimiri boliviensis), Callicebus olallae, C. modestus y manechi negro (Alouatta caraya), el tejón (Nasua nasua), el oso melero (Eira barbara), el oso oro (Cyclopes didactylusk), el perezoso de tres dedos (bradypus variegatus).
Por el contrario en las sabanas se encuentran representadas por los herbívoros como el borochi (Chysocyon brachyurus), el oso bandera (Myrmecophaga tridactila), el ciervo de pantanos (Blastocerus dichotomus), el tatú (Dasypus novemcinctus), la capibara (Hydrochaeris hydrochaeris), el zorro oreja corta (Atelocynus microtis), el león (Puma concolor).
En la zona de los bosques la pava roncadora (Penelope jacquacu), la pava pintada (Pipile cumanenses), el mutún (mitu tuberosa), la paraba azul amarilla (Ara ararauna), la paraba roja (Ara chloroptera), parabachi (Ara severa), parabachi hombro rojo (Diopsittaca nobilis), loro hablador (Amazona aestiva), loro tarechi (Arantinga leucophtalmus).
En el grupo de córvidos las especies que se encuentran son: el cacaré (Cyanocorax cyanomelas), el cacaré azul (Cyanocorax chrysops), el pájaro paraguas (Cephalopterus ornatos), el tangara (Tangara chilensis) y el sayubú de la montaña (Dacnis cayana).
Entre las aves rapaces se tiene la harpía (Harpia harpyja) y el águila solitaria (harpyhaliaetus solitarius).
En las sabanas el piyo o ñandú (Rhea americana), la perdiz colorada (Rhynchotus rufescens), la perdiz pico pequeño (Crypturellus parvirostris), el piyo o ñandú (Rhea americana), tapacaré (Chauna torquata) y el gavilán colorado (Buteogallus meridionalis).
Existen especies consideradas endémicas que pertenecen a la familia Rivulidae como por ejemplo Pterolebias obliquus y Simpsonichthys sp.
También se puede realizar un recorrido por el Río Maniquí en bote donde se puede observar aves y reptiles (caimán, lagarto y tortugas) En San Borja se cuenta con todos los servicios turísticos necesarios, tanto hoteles, residenciales, restaurantes, servicios telefónicos, Internet, servicios de transportes, con diferentes condiciones y precios de acuerdo a las posibilidades de cada persona.
Al interior de los límites actuales existen cerca de 12 estancias pequeñas y puestos ganaderos, principalmente ubicadas hacia el noroeste (límite con las pampas del Yacuma) y hacia el Norte.
A la llegada de los jesuitas (siglo XVII), la región que actualmente comprende la EBB, estaba ocupada por los pueblos indígenas tsimanes y movimas que se dedicaban a la agricultura, la caza, pesca y recolección.
La construcción del puente sobre el río Maniquí incrementó considerablemente el flujo vial y económico al interior de la EBB, aspecto que fue determinante para el avance de la frontera agropecuaria en la zona sur del área.