El resto, o sea 495 430 hectáreas, se han consolidado como un Área Natural de Manejo Integrado (ANMI), puesto que allí habitan un aproximado de 14 comunidades indígenas.

Está conectada con otras áreas protegidas, colindando al sur con el Territorio indígena y parque nacional Isiboro-Sécure (Tipnis) y al norte con el área protegida municipal Ibare-Mamoré.

Un estudio de diagnóstico integral para la creación del área, elaborado por el Centro de Investigación en Biodiversidad y Medio Ambiente (Cibioma) y la Fundación para la Conservación de los Loros de Bolivia (CLB), ha determinado que en Gran Mojos existen 463 especies, correspondientes a 316 géneros,[2]​ algo superior en comparación con otras áreas protegidas del departamento del Beni.

La especie bandera de Gran Mojos es el guacamayo Barba Azul, conocido localmente como Paraba Barba Azul, que es endémica del Beni y se encuentra en peligro crítico de extinción.

Según ornitólogos, solo quedaría una población total estimada de 250 individuos.