Los primeros contactos entre ambos países, una vez establecidos como repúblicas soberanas, fueron a nivel consular, teniéndose registro de que en 1868 se desempeñó como cónsul en Panamá el diplomático chileno Agustín Vidal.
Once de los doce ocupantes fallecieron, incluyendo a Bernales, su esposa Teresa Bianchini, los comandantes Óscar Tapia, además de su esposa Carolina Reyes, y Ricardo Orozco y el capitán Mauricio Fuenzalida.
Los principales productos exportados por Chile fueron aceites combustibles destilados, fuel oil y filetes de salmones, mientras que Panamá exportó mayoritariamente ron, perfumes y amplificadores de sonido.
Con respecto al transporte aéreo, la aerolínea Copa Airlines realiza vuelos diarios entre la capital chilena, Santiago, y la Ciudad de Panamá.
[12] Posteriormente, en abril de 2017, el presidente Juan Carlos Varela realizó una visita oficial a Chile, ocasión en la que firmó junto a la presidenta Michelle Bachelet un memorándum de entendimiento de cooperación en asuntos migratorios y consulares, y otro en materia agropecuaria, y donde la presidenta de Chile expresó su apoyo a Panamá para incorporarse en la Alianza del Pacífico.