En 1935 inició sus primeras investigaciones de hidrobiología aprovechando que su vivienda en Barcelona tenía en el jardín una balsa rica en vida acuática.
Fue becario del Instituto de Biología Aplicada (1945-1951), y posteriormente investigador en el Instituto de Investigaciones Pesqueras del CSIC (1952-1975), el cual dirigió durante 1965-1967.
En Algunos principios unificadores en ecología, publicado en 1963,[2] Margalef reúne varias teorías que circulan de forma más o menos independiente en el campo de la ecología.
Un ecosistema maduro requiera bajos niveles de energía para mantenerse.
En 1983, Ramón Margalef publicó un resumen de su trabajo en Limnología.
[3] Fue un científico cuyo trabajo estuvo siempre incluido en el contexto social y político de su tiempo.
Prestó particular atención al papel del humano en la biosfera.