Como periodista justificó, en su momento, que el gobierno militar Velasquista tomara control de todos los medios de comunicación y apoyó decididamente a esa dictadura desde sus columnas en el confiscado diario Expreso.Desde 2003, es Asesor Político Principal para los Países Andinos y Jefe de Misión para el Perú del organismo intergubernamental Instituto para la Democracia y Asistencia Electoral (International IDEA), del cual el Perú es uno de sus 27 Estados miembros.En julio de 1995, Roncagliolo fundó junto a otras personalidades peruanas sin matrícula partidaria -como el lingüista Luis Jaime Cisneros, el sacerdote jesuita Felipe MacGregor y los filósofos Pepi Patrón y Francisco Miró Quesada Cantuarias, entre otros- la Asociación Civil Transparencia.Bajo su dirección, Transparencia ganó el reconocimiento de todas las fuerzas políticas peruanas como organización independiente y neutral.Un año más tarde fue convocada por el gobierno democrático de Alejandro Toledo Manrique para conducir la Secretaría Técnica del Acuerdo Nacional, función que Roncagliolo personalmente condujo hasta la suscripción del acuerdo.Tras su salida para encabezar la Misión para la Región Andina del Instituto Internacional para la Democracia y la Asistencia Electoral, fue sucedido como secretario general por Percy Medina Masías.[7][8] En el ejercicio de este cargo, Roncagliolo se propuso implementar una diplomacia activa proyectando hacia fuera la sumatoria de las diferentes políticas sectoriales internas y en coherencia con una política de inclusión social, teniendo en cuenta que el Perú está interconectado e inserto en el mundo globalizado donde las crisis económicas y políticas repercuten en todos los países.Sin embargo, su salida coincidió con una exhortación al diálogo entre las fuerzas políticas en Venezuela,[10] cuando el Perú ejercía precisamente la presidencia rotativa de UNASUR.Su gesto sin embargo motivó una reacción airada y pública del presidente Nicolás Maduro.Respecto a la renuncia de Roncagliolo, Lourdes Flores consideró una "enorme señal de debilidad" del presidente Ollanta Humala tomar en cuenta las críticas del venezolano Nicolás Maduro contra el excanciller Rafael Roncagliolo.
Roncagliolo junto a
Ollanta Humala
luego de juramentar como ministro de Relaciones Exteriores del Perú.
Rafael Roncagliolo junto al ministro de Asuntos Exteriores y Comercio de la República de Corea, Sung-Hwan Kim en 2012.