Al año siguiente fue ministro de gobierno del gobernador catamarqueño José Dulce.
Dos años más tarde ejerció como subsecretario del Ministerio del Interior, cargo que ejerció durante las gestiones ministeriales de Manuel Quintana, Eduardo Costa, Benjamín Zorrilla, Norberto Quirno Costa y Amancio Alcorta.
[1] Al asumir la presidencia en 1904, Manuel Quintana lo nombró Ministro del Interior de la Nación.
[2] En febrero de 1905 estalló una revolución organizada por la Unión Cívica Radical, que Castillo no pudo prever porque fue, operativamente, una rebelión del Ejército apoyada por civiles.
La revolución fue rápidamente sofocada, y Castillo se aseguró la lealtad de todos los partidos rivales al sistema político dirigido por el presidente.