Está gestionado por la Autoridad Portuaria de Santander, dependiente del ente público Puertos del Estado y a su vez administrado por el Ministerio de Transportes, Movilidad y Agenda Urbana.

El puerto de Santander está especializado en el tráfico de cargas break bulk (carga fragmentada), ro-ro (cargamento rodado) y con-ro, (híbrido entre ro-ro y portacontenedores).

También es relevante en el tráfico de pasajeros, tanto en líneas regulares como en cruceros.

Al cabo de las guerras cántabras, concretamente en el año 19 a. C., los romanos fundaron el puerto de Portus Victoriae, que algunos autores identifican con Santander y, otros, con Santoña.

En 1570, el rey Felipe II declara al puerto base naval del Cantábrico.

Veinte años más tarde, en 1785, se crea el Consulado de Santander.

Gracias a estas dos medidas, el comercio colonial aumenta y la ciudad prospera hasta convertirse en una de las ciudades portuarias más importantes.

En 1995 se inicia la construcción del espigón central de Raos, finalizado dos años más tarde.

Tras un largo periplo la terminal se puso finalmente en funcionamiento en junio de 2012, no sin polémica.

Desde hace décadas se lleva planteando la necesidad de construir un puerto exterior fuera de la bahía para no estancar el crecimiento y la competitividad del mismo, aunque el proyecto se ha descartado varias veces por los grandes costes que supondría construir un nuevo puerto y por los problemas medioambientales que causaría.

Las principales vías de acceso al puerto son las autovías S-10 y A-67.

Ambas líneas son gestionadas por Adif hasta el punto de conexión físico y funcional con la red ferroviaria del puerto.

Esta zona se divide en dos espigones (Norte y Central) con 8 tramos de muelles en total, para diferentes usos.