Su crecimiento ha sido constante en extensión, llegando a superar los 640.000 m2 (64 ha) en 2009 tras su última ampliación, aunque no en lo referente al desembarco de capturas.

Ya en el XX, la reconversión del sector restó importancia al puerto para dársela a las piscifactorías, a la vez que se añadía actividad de I+D al sector con centros de innovación como el CIT-Garum.

Este fue el origen de localidades como Punta del Moral, La Higuerita (renombrada en 1834 como Isla Cristina) o Punta del Caimán (actualmente una barriada de Isla Cristina).

[6]​ Las jábegas eran el principal medio para la captura de la sardina, especie que en este puerto sobresale especialmente.

Aún en esta época no existía una demanda para avanzar más en estos modernos métodos de extracción, ya que eran técnicamente costosos y caros, convirtiendo aún el arte de la almadraba en poco rentable para una sociedad que no estaba preparada para ello por lo intrincado de los gremios y la inadecuada reglamentación.

[5]​[7]​ Con la llegada de la industria conservera la demanda aumentó enormemente, ya que el pescado no requería ser consumido de inmediato, sino que podía ser conservado, almacenado y transportado grandes distancias para su posterior consumo.

[5]​ Martín Cabet lo adaptó perfectamente al barco, impulsado mediante remos (y posteriormente lo adaptó para propulsión a vapor) y con sus mayores dimensiones, mejor maniobrabilidad y permitir realizar lances en aguas más profundas permitirá superar las restricciones que Portugal imponía en sus aguas jurisdiccionales sin infringir el tratado de 1883, pescando en sus propias aguas sin navegarlas.

En una sola campaña podían producir hasta 15.000 atunes (aproximadamente 1.200.000 kilogramos de conserva).

En Huelva no se alcanzaba el grado de concentración que tenía Cádiz.

Sin embargo, el estado se negaba a perder su participación y los arriendos seguían subiendo.

Sin embargo no siempre el número de capturas se ha visto incrementado con los avances tecnológicos, si bien en los primeros años del siglo XXI se está viendo un aumento de las capturas.

[14]​ Remontándonos a los albores del siglo XVIII, se comprueba que existieron varios puntos donde se producía la recogida del pescado fresco y los tratamientos iniciales de salazón para su transporte a los puertos principales de origen (principalmente el Levante español) de las embarcaciones que en esta costa faenaban.

Inicialmente, a mediados del siglo XVIII, el muelle se reducía a la vertiente oeste, conocido como muelle Martínez Catena, donde se disponía un pequeño embarcadero de madera para el atraque de unos pocos barcos.

Posteriormente, ya en el siglo XIX, se hace lo mismo en la zona norte, llamándose a éste muelle Marina.

Con posterioridad, en la zona oeste del muelle Marina se levantó el recinto que evitaría la venta de pescado en plazas, como la de las Flores, la "nueva" lonja (lota, como se sigue conociendo este edificio, derivación del catalán lotja) en terrenos ganados al mar.

El muelle Marina finalmente fue ampliado hasta conseguir su configuración moderna: fueron unos 40 metros los que se ganó nuevamente hacia la ría.

Posteriormente se hizo lo mismo en la zona sur del muelle Catena.

Ya en la segunda mitad del siglo XX se creó un nuevo edificio de la lonja en la zona norte del muelle Martínez Catena que se mejoró a finales de dicho siglo, construyéndose una ampliación en la zona sur del muelle Catena y reedificando la antigua lonja de la zona norte.

La parte del muelle Marina que aún no había sido ampliada, desde su extremo este hasta el puente Infanta Cristina, fue incorporada al puerto en el cambio de milenio.

Paralelamente, hacia mediados de los años 1990, se cercó todo el recinto portuario.

[12]​ En los primeros años del siglo XXI se realizaron grandes eventos internacionales y ferias de la industria pesquera-piscícola.

Este centro igualmente prestará servicios avanzados en prospectiva, desarrollo de negocio, internacionalización, incubación empresarial, desarrollando capacidades para interactuar a escala internacional y estructurar todo tipo de proyectos.

y el gran atún rojo (Thunnus thynnus), si bien la dorada contribuye en al menos la mitad del total provincial que supone, a su vez, una cuota del 15% a nivel nacional.

[26]​ El atún, llamado por Estrabón "cerdo de mar" por apenas tener desperdicio, puede superar los 200 kilogramos.

Los 27 kilogramos de despojos restantes - cabeza, espinas y aletas - se usan para producir el guano, un tipo de abono del que existen numerosas factorías en la misma Isla Cristina y que en otra época incluso se usó para producir electricidad.

Si bien es el único enlace permanente que existe, a principios del siglo XX hubo otro servicio de trasbordador que unía Isla Cristina con Ayamonte y posiblemente también con Vila Real de Santo António.