Finalmente, ya establecida la República del Perú, Huaquis continuó siendo habitado durante un siglo; sin embargo, dada su accidentada ubicación, toda la población se trasladó al recién fundado pueblo de Miraflores quedando el pueblo desocupado en 1919.
[3] Las estructuras arquitectónicas son evidencias de las distintas ocupaciones humanas que han habitado este pueblo.
La calle principal Este-Oeste empieza en la plaza Huairona y termina al final del pueblo.
Los retablos estaban decorados con motivos florales de yeso y trazos rojos; mientras que las paredes, con ocre rojizo.
La torre exenta tenía tres campanas que servían para llamar a misa y asamblea.
El hospital contaba con cocinas de leña en su lado oeste para alimentar a los enfermos.
Siglos después, de acuerdo con habitantes locales, el hospital fue usado como cementerio en la época republicana.
Este documento también narra las prácticas curativas de estos personajes llamados Cristóbal Curis Anampa, Domingo Parian e Inés Cancho Molloc.
La historiadora María Rostworowski los describe como un conjunto de pequeños señoríos con varios pueblos agrupados, cada uno con su propio curaca —señor étnico local— y principales.
Estos, a su vez, estuvieron bajo un poder centralizado al mando de un curaca principal, el cual residía en Huarochirí.
Según las crónicas, los Yauyos no pusieron resistencia, fueron anexionados al Tahuantinsuyo y formaron una alianza con el Inca, lo cual les permitió permanecer en sus tierras, además de conseguir ventajas y beneficios del Estado incaico.
A diferencia de los demás pueblos que fueron ubicados en zonas bajas y accesibles, Huaquis continuó siendo habitado en el mismo lugar, aunque sufrió las modificaciones necesarias para adaptarse a los intereses de la nueva administración española.
La adoración de los huacas, así como los rituales curativos o de intermediación con estas divinidades, persistieron décadas después mezclándose con elementos cristianos para que parecieran lícitos y cercanos a la fe impuesta.
Aun así, esto no evitó que se lleven a cabo varios juicios por idolatría contra curanderos andinos con base en denuncias que realizaban los mismos indígenas, quienes ya se encontraban influenciados por la evangelización católica.
[9] Apenas fundada la República del Perú, se creó la provincia de Yauyos en 1821 y, seguidamente en 1825, los distritos de Yauyos, Ayavirí, Huañec, Laraos, Omas, Tauripampa, Pampas (Colonia), Viñac y Chupamarca.
En el siglo XIX d. C., Huaquis presentaba un gran atraso en comparación con los pueblos vecinos de origen colonial.
A pesar de que no quedó nadie viviendo en Huaquis, el sitio continuó siendo visitado.