La pudrición parda es realizada por ciertos hongos saprótrofos pertenecientes al phylum Basidiomycota.
Es por esto que podemos reconocer a la pudrición parda en la naturaleza por la formación de patrones cúbicos en un tronco en descomposición.
[2] Se considera a la pudrición parda como una novedad evolutiva debido a que la pudrición blanca implica que existan varias copias de genes que codifican para las enzimas peroxidasas de clase II, en cambio, en la pudrición parda este número de copias genéticas se ve sumamente reducido; esto implica que no existirá un gasto energético por parte de la célula para sintetizar enzimas peroxidasas, simplemente se liberará el peróxido de hidrógeno al ambiente.
[2] Esta novedad evolutiva se repite en cinco grupos de hongos: Boletales, Polyporales, Dacrymycetes, Gloeophyllales y Lyophyllaceae.
Este fenómeno se asocia debido a que los hongos ectomicorrizógenos, al vivir en las raíces de las plantas y establecer una relación simbiótico mutualista, no necesitan del poder degradativo que necesitan los hongos que viven en partes más duras del árbol, como lo es el tronco; al vivir en las raíces realizan una penetración intracelular sin que exista una degradación de la pared celular.