El cargo de prefecto del departamento de Lima fue un cargo político que surgió en el Perú en el comienzo de la época republicana.

Luego se impuso el nombre de prefecto.

[1]​ Era el jefe político del departamento de Lima, y como tal, miembro del poder ejecutivo.

Se encargaban de hacer ejecutar las leyes y las sentencias judiciales, y de la conservación del orden público.

[1]​ El cargo de prefecto fue desactivado en el 2001.