Polo Democrático Alternativo

Por su parte, Alternativa Democrática era una coalición política de izquierda liderada por el exmagistrado Carlos Gaviria Díaz, quien había estado también en la coalición Polo Democrático pero no logró llegar a un acuerdo para conformar el PDI.[10]​ A pesar de la derrota, Carlos Gaviria obtuvo el segundo lugar superando al candidato liberal Horacio Serpa, así el Polo Democrático Alternativo obtuvo la máxima votación en la historia de la izquierda colombiana con 2.609.412 (22 por ciento del total).[12]​ Durante el 2007 existieron algunas diferencias entre los miembros del partido que fueron catalogadas por la prensa como "crisis interna del partido"; estas diferencias surgieron a raíz de que el senador Gustavo Petro, entonces miembro del partido, cuestionó la poca firmeza con la que el PDA se refería a la guerrilla de las FARC a raíz del comunicado que el partido emitió en el caso de la muerte de los diputados del Valle del Cauca que habían sido secuestrados por esta guerrilla; esto generó una serie de declaraciones y hechos que causaron roces entre Petro, quien venía de la coalición Polo Democrático Independiente, y Carlos Gaviria Díaz quien fuera el presidente del partido y a quien se considera más cercano a la izquierda tradicional que venía de la coalición Alternativa Democrática.[13]​ Dichas diferencias quedaron temporalmente resueltas en una reunión extraordinaria de la que se emitió un comunicado en el que partido condenó las acciones de la guerrilla y ratificó el apoyo a Gaviria y a Petro.En estas elecciones el Polo también alcanzó la gobernación del departamento de Nariño con Antonio Navarro Wolff.En el resto del país, aunque aumentó su participación en Asambleas Departamentales, no logró un respaldo muy amplio.[25]​ Durante las elecciones primarias del 27 de septiembre el candidato Carlos Gaviria fue sorpresivamente derrotado por Gustavo Petro quien se convirtió en candidato único por el PDA a la Presidencia con miras a las elecciones presidenciales de 2010.El partido se vio convulsionado ante este hecho puesto que Petro buscaba alianzas electorales con otras fuerzas políticas para enfrentar la posible tercera candidatura de Álvaro Uribe mientras que Gaviria, a quien apoyaban las mayorías del partido, buscaba llegar a las elecciones sin alianzas con otros sectores.Tras el repunte del candidato Antanas Mockus como alternativa al oficialismo, el partido dejando a un lado sus diferencias internas se unió alrededor de Petro quien nombró a Clara López como fórmula vicepresidencial y quien más tarde sería nombrada presidenta del partido.Tras la decisión del Comité Ejecutivo Nacional, Petro amenazó, como lo había hecho ya en bastantes oportunidades, con abandonar la colectividad.[32]​ Este Congreso venía precedido con especulaciones acerca del posible llamamiento a una consulta interna entre Clara López Obregón y Jorge Robledo.[33]​ De igual manera, durante la campaña electoral se presentaría el inconformismo de algunas tendencias con la expulsión del PCC, por lo que importantes figuras públicas del Partido como Iván Cepeda declinarían su candidatura a ser delegados al III Congreso.[40]​ Para deslegitimar tales movimientos desde el presidente hasta el consejo de ministros buscaron demostrar que la violencia presentada en algunas manifestaciones tuvo que ver con orientaciones de Jorge Enrique Robledo, lo cual nunca se pudo demostrar.