Después de que Lee completó su educación formal en la abadía, se fue a vivir con una tía materna.
En julio de 1952 dio a luz a un varón al que llamó Anthony Lee y lo crio hasta los 4 años, cuando fue obligada por las monjas a firmar los papeles de adopción en beneficio de una pareja estadounidense; esto era práctica común en esa Irlanda y hoy incurriría en ilegalidad.
Al final ambos se sorprendieron al descubrir la identidad del hijo perdido: se llamaba Michael Hess, era un prestigioso abogado que había logrado ser un asesor de la Casa Blanca, durante la Presidencia de Ronald Reagan, y estaba muerto.
El caso de Hess se hizo famoso en todo el mundo por la película, donde la admirada Judi Dench interpretó a Philomena y provocó una fuerte reacción en Irlanda, donde se impulsó la búsqueda de los niños adoptados ilegalmente y se vio disminuido el catolicismo en la comunidad.
Lee visita todos los años la tumba de su hijo y dijo estar contenta por la vida de Anthony, reconociendo que bajo su crianza nunca hubiera logrado el mismo éxito profesional.