En la actualidad no se han localizado documentos sobre su infancia ni sobre su ingreso en la catedral de Toledo, centro al que vinculó su vida eclesiástica y su actividad musical.
Por este motivo, en 1495 se presentó al «asiento» de cantor tenor en el coro del arzobispo.
En 1536 dicta testamento y en 1543 figura como racionero difunto en el registro de cantores.
La opera omnia de Lagarto, identificada hasta la fecha, la constituyen: Las cuatro aparecen recogidas en los principales cancioneros musicales del periodo junto a grandes figuras castellanas y francoflamencas, cuyas composiciones gozaron de predicamento en la corte Católica y en las casas nobiliarias de Castilla, especialmente en la de Alba, durante el último tercio del siglo XV.
En aquel momento Lagarto ostentaba todos los cargos relacionados con la enseñanza musical en el templo primado por lo que se revela como un espectador excepcional de la consolidación de aquella genuina, y decisiva, convergencia estilística.