Decidieron ir al arbitraje del brasileño Braz Dias de Aguiar, con lo que continuaron los trabajos.
Sin embargo, por el poco conocimiento de la región, se utilizaban términos ambiguos como divortium aquarum o naciente del río X, volvieron a surgir las discrepancias y en 1948, cuando faltaban sólo 78 kilómetros por demarcar, Ecuador suspende la colocación de los hitos y en 1960, declara inejecutable y nulo el Protocolo.
En 1995, ambos países se enfrentaron nuevamente en la región del río Cenepa, territorio sin demarcar.
Tras la finalización del conflicto, comenzaron las negociaciones, cuyos representantes fueron Fernando de Trazegnies Granda por el Perú y Édgar Terán por Ecuador.
Los firmantes del acta fueron: El documento reconocía la soberanía peruana en Tiwinza, concediéndose a Ecuador 1 km² de territorio como propiedad privada bajo la legislación del Perú,[4] sin soberanía y solo para realizar actos conmemorativos y no militares.