Al mismo tiempo que Morrissey representaba al grupo neoyorquino, comenzó a dirigir y coordinar todas las películas experimentales que formaban parte de la "marca" de Andy Warhol, entre ellas My Hustler (1965), Chelsea Girls (1966), Imitation of Christ (1967) y Bike Boy (1967).
En 1968 comenzaría la trilogía Flesh con la película del mismo título, a la que siguieron Trash (1970) y Heat (1972).
Las tres películas narraban la historia de un chapero interpretado por Joe Dallesandro, cuyo cuerpo desnudo aparecía en buena parte del metraje incluyendo primeros planos de su pene, algo inédito hasta entonces en una película no pornográfica.
[4] En 1974 rodaría en Francia e Italia las películas Carne para Frankenstein y Sangre para Drácula, también protagonizadas por Dallesandro.
[5] Un año más tarde Warhol decidiría centrarse en sus pinturas, terminando así su colaboración con Morrissey.