Por este motivo fue exiliado de la capital, sólo para volver con grandes honores meses después, cuando el falso zar fue derrocado, y a su vez, el Patriarca Ignacio.
Durante el reinado de Basilio IV (Vasili Shuiski), Hermógenes generalmente apoyó los esfuerzos del zar para pacificar el país, anatemizando a Iván Bolótnikov y su ejército.
Cuando Basilio fue destronado por los Siete boyardos y los polacos tomaron el control del Kremlin de Moscú, Hermógenes rechazó firmemente los planes de éstos de nombrar zar a Vladislao IV Vasa, a menos que se convirtiera a la ortodoxia.
Cuando el Primer Ejército de Voluntarios del Pueblo de Prokopi Liapunov finalmente llegó a Moscú, desafió las exhortaciones polacas para que anatemizara al ejército.
Lo sepultaron en el monasterio Chúdov y en 1654 sus reliquias fueron transferidas a la Catedral de la Dormición en el Kremlin.