Paralelamente a su creación, los militantes más radicales crearon el Mitidja, una organización popular de carácter campesino.

Además, fruto del aumento en la militancia, cambiaron las demandas independentistas por discursos más reformistas en los que se exigían igualdad de derechos entre colonos y colonizados.

Sin embargo el secretario general entre 1943 a 1947, el primero oficial desde Kaddour Belkaïm, Amar Ouzegane, estaba en contra de dicha influencia; por lo que terminaría siendo destituido por el comité central en abril de 1947 durante el 4.º congreso del partido.

A partir de 1946 los movimientos juveniles llevarán una línea con un lenguaje anticolonial muchísimo más marcado que el del PCA; este hecho contribuyó a que se produjese una radicalización en la retórica oficial del partido, por lo que la población colonizada comenzó a verse reflejada en las proclamas del partido.

A pesar del cambio en las bases, siguió existiendo cierta tirantez entre los líderes del partido y los jóvenes a causa de la profunda radicalización de estos en cuanto al discurso antiimperialista.

Cosa que se manifestó de forma muy clara en la llamada "crisis bereber" de 1949 y las rivalidades que existían entre Messali Hadj y los jóvenes militantes del partido.

Nuevamente, este hecho supuso un punto de conflicto con el Partido Comunista Francés, el cual presionó al comité central del PCA para que revocase su decisión; cosa que finalmente ocurrió, aunque gracias a la autonomía con la que contaban las distintas células del partido muchas pudieron continuar actuando con independencia y desacatando las directrices del órgano central.

[2]​ Sin embargo, esta línea patriótica y anti-nacionalista se rompe en 1946, momento en el que el PCA se declara como partido nacionalista con el objetivo de lograr la liberación y unidad nacionales junto con otros partidos separatistas.

Estas facciones fueron capaces de organizar a las masas para provocar disturbios y alzamientos, cuestión para la que el PCA había tenido ciertas reticencias a la hora de apoyar e incentivar la lucha armada, principalmente desde los sectores europeos.

Sin embargo, durante los primeros años de lucha nacional, existió una fuerte desconfianza por parte del FLN hacia el PCA, fruto principalmente de que tanto las bases como la directiva del FLN era marcadamente anticomunistas; por lo que la colaboración entre ambas organizaciones se tornó muy costosa.

La línea del PCA tras la revolución fue la de establecer una unidad anticolonial que encaminase el país hacia el socialismo, siguiendo las directrices mandadas desde Moscú.

Sin embargo, desde la dirección del partido se comenzó a proponer a los militantes que abandonasen el partido y se uniesen al FLN, quienes tenían el objetivo de integrarse dentro de la estructura de partido único del país pues suponía una oportunidad para influenciar a la sociedad y al gobierno desde dentro.

Aunque muchos de los militantes del PCA no llegaron a unirse nunca.

La organización pasó por tanto a ocuparse de los problemas sociales y culturales del país.

Sin embargo, su papel político fue menor ya que la directiva de la organización siguió siendo integrada exclusivamente por hombres.

Estos criticaron también que hasta la independencia no existiese una falta de análisis crítico sobre la cuestión colonial y nacional en la organización; encontrándose muchas veces una dicotomía entre el aparato partisano y la militancia.