Esa primera edificación fue destruida por una rebelión indígena a los pocos años de fundada la ciudad.En 1558, la Corona manda edificar una nueva y definitiva iglesia parroquial con aporte del erario real.A fines del siglo XVIII, don Joaquín Toesca inicia los estudios para edificar una iglesia definitiva para El Sagrario.En 1897, Monseñor Mariano Casanova encarga al arquitecto Ignacio Cremonesi que haga la remodelación y modernización de la Catedral y de El Sagrario, obra que concluye en 1905 tal como aparece hoy día.El Altar, la base del Sagrario y la columna para la Virgen, han sido construidas en hormigón cubierto con mármol.El Sagrario barroco americano, fue hecho a mano probablemente durante el siglo XVIII por alguna escuela quiteña.En 1755, don Martín Lacunza manda confeccionar en Quito, una imagen de nuestra Señora del Carmen.En 1945, sus descendientes la donaron al Cardenal José María Caro quien la destinó para el Santuario de Maipú, donde se venera actualmente.Durante el siglo XIX, la devoción a Nuestra Señora del Carmen estuvo marcada por las gestas de la Independencia.
