Dicho canal tiene dos desembocaduras, una en las lagunas de este parque, y otra en el mar, atravesando las Salinas de Santa Pola y dejando al río Vinalopó sin su desembocadura original.El Hondo presenta un clima mediterráneo con características semiáridas propias del sureste de la península ibérica.En los embalses, debido al agua relativamente dulce y con alto grado de eutrofia, apenas existe vegetación sumergida, destacando el carrizo y el junco en las aguas poco profundas.En las charcas periféricas, por término medio más saladas y con aguas de mejor calidad que los embalses, se presentan diversas especies típicas del saladar endémicas del sureste peninsular como son el limónium, la suadea o la salicornia.También es posible encontrar otras especies como la avoceta, la cigüeñuela, la canastera, la focha moruna, el pájaro moscón o el carricerín real.
