Específicamente se encuentra en área de los municipios: Belén (Nariño), San José de Albán, El Tablón de Gómez, La Cruz (Nariño), San Bernardo (Nariño), Bolívar (Cauca) y Santa Rosa (Cauca) y en los límites con Colon, Sibundoy, San Francisco (Putumayo) en el departamento del Putumayo.
El sistema hídrico del Complejo Volcánico Doña Juana – Cáscabel está conformado por dos vertientes: Pacífica y Amazónica.
La Pacífica la conforman los ríos San Jorge, Mayo y Juanambú, que fluyen hacia el río Patía.
La influencia de la vertiente Amazónica, está conformada por los afluentes del río Caquetá entre los que se destacan los ríos Cascabel, Blanco, Platayaco, Grande y Curiaco.
Otro complejo lagunar importante es La Cristalina, ubicado entre los Municipios de La Cruz (Nariño) y Santa Rosa (Cauca).