El Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc forma parte de la barrera arrecifal denominada “Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental” (también conocido como “Gran Arrecife Maya”) y pertenece al “Sistema Arrecifal Mesoamericano”, considerada como la segunda barrera arrecifal más grande del mundo.

La zona litoral presenta salientes rocosas, cordones, espolones y lagunas pantanosas intercomunicadas hacia el océano por medio de canales.

La región está esculpida por rocas carbonatadas del terciario superior, las que debido a una intensa precipitación, el clima y su posición estructural han sufrido una intensa disolución ocasionando una superficie rocosa kárstica ligeramente ondulada.

El relieve submarino en ambos flancos es totalmente diferente, esto afecta notablemente la circulación oceánica y por lo tanto la distribución de los arrecifes coralinos.

La parte principal del mar Caribe está ocupada por cuencas oceánicas profundas, separadas entre sí por un sistema de crestas casi paralelas.

En el estado de Quintana Roo, en el transcurso del año las temperaturas medias oscilan en un intervalo que va desde los 18 a los 26 °C.

En cuanto a la precipitación en la zona, llueve alrededor de 1,000 mm en promedio, concentrándose en el periodo de mayo a octubre, con máximos en junio y septiembre, y presentando una disminución importante en agosto, originando una sequía intraestival o canícula.

Las actividades náutico – recreativas, que se desarrollan al interior del parque, constituyen importantes fuentes de empleo directo para más de cinco mil familias de la zona, representando una importante actividad económica en la región, a la cual concurren desde los más humildes pescadores hasta empresas con la más alta tecnología del mercado.

Los arrecifes del parque representan un recurso importante en términos económicos y biológicos, pues se ubican en el polo de desarrollo turístico de Cancún, siendo los atractivos naturales preferencia del turismo, es por eso importante preservar el recurso y garantizar su permanencia.

Esta actividad destructiva es contrarrestada por las comunidades biológicas, ya que la línea de costa parece ser estable, y en algunos lugares avanza debido a la contribución de dichas comunidades al depósito calcáreo (acreción).

La comunidad de mayor trascendencia en este aspecto es el arrecife coralino, particularmente las algas calcáreas y los corales hermatípicos, que continuamente aportan al sistema esqueletos calcáreos.

[3]​,[4]​ El área terrestre del parque representa una proporción muy pequeña de su superficie y está constituida únicamente por el islote La Carbonera, en Isla Mujeres y tres pequeños islotes rocosos en Punta Cancún.

La flora terrestre está constituida por manglar y vegetación de dunas costeras, donde se han registrado 40 especies.

Es en este polígono donde se encuentran los islotes cuyo uso está destinado exclusivamente a la investigación científica, en la zona litoral del polígono predominan las actividades de playa así como el empleo de embarcaciones no motorizadas como kayak, y windsurf.

Las actividades más relevantes de este polígono son el buceo autónomo y snorkel por lo que es recomendable acceder por embarcaciones motorizadas desde los clubes náuticos ubicados en las lagunas de Nichupté y Bojórquez a través del canal Sigfrido y canal Nichupté , o bien desde las mismas playas de la zona hotelera.

Las áreas arrecifales más conocidas son cuevones, la bandera, barbones, chitales, del lado norte de la punta, y del lado occidente la zapatera, brincos, rejollada, soraya, san Toribio, pozos azules, barracas, el aristos, la pérdida, cristal, pared de Sara, largo y el bajite.

La embarcación transportaba 215 turistas, de los cuales 50 habían descendido a practicar snorkel en el área cuando comenzó el percance.