Muy pronto se convertiría en un lugar de referencia para inquietudes no solo religiosas, sino también científicas y humanísticas.

Con el paso del tiempo se llegaron a impartir estudios de gramática, filosofía, teología, escolástica moral y escritura.

En 1949 se fundó la Cofradía del Santísimo Cristo de la Misericordia, cuyo titular es un crucificado del siglo XVI obra de Domingo Beltrán, imagen que se custodiaba en el edificio.

Entre las columnas se observan las figuras de San Lucas y Santa Catalina.

Al quedar habilitada la iglesia como sala de exposiciones, el magnífico sepulcro se retiró al igual que quedaron ocultos los retablos de las capillas laterales, que pertenecen estilísticamente a la primera etapa del retablo barroco murciano del siglo XVIII, prolongación de los últimos del XVII, que a pesar de las composiciones equilibradas causan un gran impacto visual por su abigarrada decoración.

[3]​ Tras fuertes protestas ciudadanas y una orden judicial, el presidente de la Región de Murcia, Ramón Luis Valcárcel, declaró oficialmente que no se iba a construir el "parking".