Mestizo nacido de cuna humilde, no asistió a la escuela por lo que se hizo autodidacta.
La vida política de Pablo de Villavicencio inició en 1818, cuando dirigió una animada protesta contra el obispo de Real del Rosario, Bernardo del Espíritu Santo, quien había publicado una carta pastoral llamando a los provincianos a unirse al ejército realista para combatir a "la peste" que representaba el ejército insurgente.
Al instaurarse la República en 1824, Villavicencio militó en las logias yorkinas, pero ese año, debido a sus opiniones políticas, fue arrestado.
Ya liberado, polemizó con miembros de la logia escocesa y con su amigo, José Joaquín Fernández de Lizardi, quien antaño había sido editor del periódico insurgente El Despertador Americano.
para de aquí al mes de enero, el cual le costó la cárcel por órdenes del gobernador del Distrito Federal, José María Tornel, a quien atacó en un fascículo escrito en prisión.