No será, sin embargo, hasta 1963 cuando nazca propiamente el Museo a partir de los citados materiales arqueológicos y de pinturas del Renacimiento y el Barroco que se encontraban en el interior del Monasterio.

También destaca una numerosa representación del impresionismo francés, insólita en la península, con pinturas de Claude Monet, Alfred Sisley, Pierre-Auguste Renoir o Camille Pissarro; así como dibujos, acuarelas y pasteles de John Singer Sargent y Degas.

Así mismo cabe destacar una muestra de obra pictórica y gráfica de artistas que pertenecen a la estética contemporánea y vanguardista como Marc Chagall, Georges Braque, Le Corbusier, Jean Metzinger, Serge Poliakoff, Sean Scully, Juan Gris, Georges Rouault, Joan Miró, Antoni Clavé o Antoni Tàpies.

Una selección de obras del museo se expuso temporalmente en Madrid (2008) y es habitual que el museo itinere a través de exposiciones propias por diferentes ciudades: Valencia, Murcia, París, La Coruña, etc.

“El Propileu no és més que una irradiació … del que som i del que fem al MDM...neix de manera modesta i sense pretensions... Ens limitem a obrir les portes de casa i a oferir la nostra amistat a tots aquells els qui treballeu en l'àgora de la cultura i als qui us agrada freqüentar-la...”[2]​“El Propileu” es el título de la publicación bimensual editada por el propio equipo del Museo.