Su promotor fue Joan Seguí Rodríguez y sus fondos iniciales se formaron con donaciones de particulares.

En 1906 sus fondos pasaron al Museo del Ateneo de Mahón, hasta 1944, en que se integraron al recientemente fundado Museo Provincial de Bellas Artes, organizado por Félix Merino y María Luisa Serra Belabre.

Pero el edificio amenazaba ruina, de forma que se cierra al público.

También se recuperaron las piezas que la arqueóloga británica Margaret Murray había hallado en los años treinta del siglo XX en sus excavaciones en Trepucó y en el poblado talayótico de Sa Torreta y que se encontraban en Cambridge.

El edificio que nos ha llegado fue construido entre los siglos XVII y XVIII, con reformas a comienzo del XIX.

Las celdas de los frailes y otras dependencias se situaban en las plantas superiores.

Los franciscanos tuvieron que dejar el convento el 1835, con la desamortización eclesiástica de Juan Álvarez Mendizábal.

El Museo ofrece un espacio destinado a los investigadores que deseen consultar este fondo.

El Museo ofrece cuatro tipos de visitas: guiadas, familiares, para grupos y escolares.