La segunda sección está en el primer piso y se dedica a «Roma desde la antigüedad hasta la Edad Media».
Construido en el siglo XV por la familia Riario y reconstruido por el arquitecto Martino Longhi para el cardenal Marco Sittico Altemps en el XVI.
Devuelto a la Santa Sede, será adquirido por el estado italiano y entregado al museo en 1982 e inaugurado en 1997.
El palacio también incluye el teatro privado histórico, en la actualidad usado para albergar exposiciones temporales, y la iglesia de San Aniceto.
Usado parcialmente como un hospital militar durante la Segunda Guerra Mundial, volvió a funciones escolásticas hasta 1960.
En el sótano está la colección numismática del museo, mostrando la evolución de la moneda en Italia.
Se exploran los temas helenísticos en el arte romano, y el desarrollo del retrato de emperadores.
En el claustro de Miguel Ángel, un jardín del siglo XVI, se muestran altares y escultura funeraria así como inscripciones.