Este museo alberga una valiosa colección de objetos arqueológicos, etnográficos e históricos, que brindan una mirada al pasado desde los períodos prehispánicos hasta la actualidad, constituyendo una gama de elementos que muestran una larga ocupación humana del actual territorio salvadoreño.
[1] Su primer director fue el doctor David J. Guzmán, autor de la Oración a la Bandera Salvadoreña, y las exposiciones incluían objetos relativos a la historia, biología y geología.
[4] Reapareció en 1913 en el mismo lugar junto al Instituto de Historia Natural y Jardín Botánico.
Estas instalaciones sufrieron daños severos con el terremoto de 1986, por lo que fue demolido en 1993.
El MUNA además cuenta con una Biblioteca especializada y una de las hemerotecas más completas del país.
Su disposición ha seguido un criterio fundamentalmente temático, tanto en el discurso principal como en los textos de reflexión, en el que se cruza con eje transversal la participación de la mujer en los procesos migratorios.
A través de la sala se observan las diferentes técnicas e instrumentos agrícolas ocupados en el territorio nacional a través del tiempo, dieta alimenticia y principales productos agrícolas.
Presenta principalmente la cosmovisión que los indígenas poseían con respecto a sus dioses y el misticismo de los sacrificios y la muerte; en la época colonia se muestra la introducción del catolicismo y sus diferentes manifestaciones; en la época contemporánea se presenta la diversidad de religiones y la libertad de culto que surge de la tolerancia religiosa que existe en San Salvador.